Економіка УФ-системи визначається такими факторами: вартість та термін служби обладнання; електричний ККД; ступінь зниження ефекту стерилізації під час роботи; витрати на електроенергію тощо. Економічний аналіз системи ультрафіолетової дезінфекції ще не дійшов висновку. Є багато звітів про аналіз з різними висновками. Існують думки, що пристрій для ультрафіолетової дезінфекції споживає багато електроенергії, а обслуговування та вартість обладнання високі. Для великих систем інвестиції в обладнання вищі, ніж в озонову систему, а експлуатаційні витрати подібні до озонових; але для невеликої системи виробництва чистої води інвестиції нижчі, ніж для озонового пристрою. Існують також думки, що для обробних ваг, що складають тисячі тонн / день і більше, інвестиційні та експлуатаційні витрати на систему УФ-дезінфекції є дуже вигідними, які набагато нижчі за витрати на хлорування та дезінфекцію озоном. Наприклад, є дані аналітичних даних, що при будівництві невеликої очисної станції питної води з населенням від 10 до 25 000 приблизне співвідношення витрат на знезараження ультрафіолету, діоксиду хлору та озону становить 1: 4: (8-9), населення більше, ніж для 500 000 соціальних організацій, співвідношення витрат становить приблизно 1: 2,5: 2,5.
Ці кошториси витрат не включають додаткові витрати на видалення побічних продуктів дезінфекції та кіст криптоспоридію при використанні процесів дезінфекції, не пов'язаних з УФ. Крім того, дані аналізу показують, що інвестиційні та експлуатаційні витрати на ультрафіолетову дезінфекцію нижчі, ніж на дезінфекцію хлором, а вартість дезінфекції становить приблизно половину вартості хлору, але різниця зменшується із збільшенням масштабу очищення води.
У Франції та колишньому Радянському Союзі дезінфекція ультрафіолетом обмежувалась невеликим обладнанням. Встановлене велике обладнання мало встановлювати ультрафіолетові лампи послідовно в магістралі відфільтрованої води. У Сполучених Штатах ультрафіолетова дезінфекція також обмежується невеликим обладнанням та басейнами, і її часто поєднують з іншими дезінфікуючими засобами. Однак у практичному застосуванні повідомляється, що масштаб рослин питної води, які використовують ультрафіолетову дезінфекцію, перевищив 1,5 мільйона тонн на добу.